Каптан обладает контактным (защитным) действием, не проникая внутрь тканей растения и защищая обрабатываемую поверхность листьев и плодов от заражения. Действие каптана основано на многоцентровом (мультисайтовом) механизме: вещество взаимодействует с тиоловыми (SH-) группами аминокислот и ферментов патогена, нарушая клеточное дыхание и синтез белков возбудителя. Это приводит к блокированию прорастания спор и гибели патогенной клетки ещё до проникновения гриба в растительную ткань.
Благодаря такому механизму каптан действует профилактически, препятствуя заражению, а не подавляя уже развившуюся инфекцию, и при этом практически не создаёт риска развития резистентности у патогенов — в отличие от системных фунгицидов с узконаправленным (моносайтовым) механизмом действия.