Механизм действия каптана на грибную клетку неспецифичен: действующее вещество угнетает биохимические процессы, в которых принимают участие ферменты и коферменты, содержащие сульфгидрильные группы, тиолсодержащие клеточные компоненты, инактивируют ферменты фосфорного превращения, ингибируют биосинтез цитрата из ацетата. При взаимодействии с клеточными тиолами образуется фосген, который реагирует с белками, аминокислотами и другими компонентами грибной клетки.
Каптан препятствует прорастанию спор и начальному росту мицелия патогена.